Manfred Lindner získal titul PhD. na Ludwig-Maximilians-Universität v Mníchove. Následne pôsobil ako postdoktorand v laboratóriu Fermi National Accelerator Laboratory  (Fermilab) v Chicagu v USA a nato v CERN-e v Ženeve vo Švajčiarsku. Po týchto skúsenostiach sa Manfred Lindner stal Heisenbergovým štipendistom na Univerzite v Heidelbergu a následne začal pôsobiť ako profesor na Mníchovskej technickej Univerzite. V roku 2006 sa stal riaditeľom Inštitútu Maxa Plancka pre jadrovú fyziku v Heidelbergu, ako aj profesorom na heidelberskej univerzite.

Manfred Lindner sa venuje výskumu v oblasti časticovej a astročasticovej fyziky. Jeho teoretická práca sa týka mnohých aspektov štandardného modelu časticovej fyziky a jeho rozšírení. Z experimentálnej stránky je jeho hlavným prínosom v medzinárodných výskumných projektoch oblasť neutrín a hľadania tmavej hmoty. Jeho hlavným experimentálnym projektom je v súčasnosti XENON zameraný na priamu detekciu tmavej hmoty, v ktorom je Lindner spoluriešiteľom v medzinárodnej kooperácii. Vedie tiež experiment CONUS zameraný na detekciu koherentného rozptylu neutrín pri nízkych energiách.

Manfred Lindner získal Heisenbergovo štipendium Nemeckej výskumnej nadácie (DFG), bol mu tiež udelený čestný doktorát Kráľovského technologického inštitútu KTH (KTH). Významné je tiež uznanie Americkej asociácie pre rozvoj vedy (AAAS), ktorá Lindnera vybrala za člena AAAS za jeho významný prínos k teoretickej a experimentálnej časticovej fyziky.

Manfred Lindner je hovorcom Medzinárodnej výskumnej školy Maxa Plancka pre precízne testy základných symetrií prírody a okrem toho je členom viacerých medzinárodných výskumných sietí. Pôsobí ako oponent rôznych národných a medzinárodných grantových agentúr a je členom národných a medzinárodných rád zameraných na koordináciu výskumných stratégií. Je tiež recenzentom alebo členom redakčnej rady rôznych vedeckých časopisov, okrem toho je členom mnohých poradných rád medzinárodných konferencií.